琉球群島的生物多樣性成因
1200萬年以前，琉球群島與大陸相連。1200萬年~200萬年之間的地質作用如沖繩海槽塌陷造成琉球群島與大陸分離，海平面上升下降讓部分島嶼相連又分離。
位於沖繩群島和先島群島之間的「慶良間海裂」和位於小寶島和惡石島之間的「Tokara海峽」由於深度較深，因此這兩處即使在海平面下降時也並未與陸域相連，因此將琉球群島分隔成北琉球、中琉球和南琉球的三大區域。
其中中琉球與大陸分離最久，部分物種在大陸已經滅絕，卻在中琉球地區保留了下來，甚至在不同的島嶼間演化成不同的種或亞種。
例如分布於大陸的毒蛇龜殼花屬（Protobothrops）也分布於中琉球和南琉球，日文的名字是「波布（Habu）」，但特別的是並不是所有的島嶼都有波布，其中之一的假說便是海拔較低的島嶼在曾在間冰期水沒於海平面下，因此沒有波布存活，而波布的近緣種中在琉球群島的分布北限即是分布於寶島和小寶島的Tokara波布（Protobothrops tokarensis），這也符合生物地理分布界線的預測。
2021年登錄為世界自然遺產的4個島嶼中，沖繩島、德之島、奄美大島屬於中琉球，而西表島屬於南琉球。登錄理由就是因為這些地區高度的生物多樣性，並且反映了島嶼的地質成因，也是必須保護這些稀少的特有種的重要地區。
中琉球的生物相
中琉球的三個最大的島嶼即是被登錄為世界自然遺產的沖繩島、德之島和奄美大島。過去這 3個島曾經是一塊相連的陸域，因此有許多相似的生物相。例如長毛鼠（Diplothrix legata）是目前僅存1屬1種的物種，就分布在沖繩島、德之島和奄美大島。
中琉球與大陸分離的時間最久，因此特有種的比例也最高。陸生維管束植物的特有種比例約8%，而陸生哺乳類的特有種比例約為60%，兩生類的特有種比例約為90%。
而這 3 個島嶼大概在200萬~100萬年前分開。有部分物種因地理隔離而進一步演化為不同種或亞種。例如裔鼠（Tokudaia）屬在這3個島上分別演化成沖繩裔鼠（T. muenninki）、德之島裔鼠（T. tokunoshimensis）和奄美裔鼠（T. osimensis）。
其中德之島和奄美大島分隔的時間更晚，因此兩島的生物相也更相像，例如兩島都有奄美黑兔（Pentalagus furnessi）。奄美黑兔於大陸的近緣種已經滅絕，也是1屬1種的物種。
此外，沖繩島棲息了日本唯一不會飛的鳥類「沖繩秧雞（Gallirallus okinawae）」，由於近緣的秧雞屬物種分布在東南亞，本種也可能為東南亞起源。
南琉球的生物相
南琉球一直與大陸相連，一直到500萬~260萬年前與大陸分離，與大陸相似的物種因此成為不同種或亞種，因此南琉球有許多與台灣或中國南部相似的物種。20萬~10萬年前的冰河期，曾讓海平面下降，則是另一次生物來到南琉球地區的時機，例如西表山貓（Prionailurus iriomotensis）的祖先。
沖繩島山原地區
其實山原（Yanbaru，或沖繩方言拼音為Yambaru）並不是一個地名，而是泛指沖繩北部地區的森林環境。以生態保護得較完整的地區來說，山原大約是北部三村（國頭村、大宜味村、東村），特別是指鹽屋灣到平良灣間設置的「印度小貓鼬北上防止柵欄」以北的範圍，其中核心的森林地區於2016年9月15日被指定爲「山原國立公園」。
山原地區的林相以殼斗科的沖繩栲組成（Castanopsis sieboldii），本種占了沖繩森林中70%的生物量，也是山原生態系食物鏈中重要的一部分，包含沖繩秧雞、沖繩野豬甚至是澤蟹都會取食沖繩栲的橡實。野口啄木鳥在繁殖季時會將沖繩栲啄出樹洞育雛，繁殖季結束之後貓頭鷹、長毛鼠等會利用這些空樹洞。而樹幹中心腐朽後產生的木屑則是山原長臂金龜幼蟲的生長基質，因此只有生長了沖繩栲巨木的森林才能孕育山原長臂金龜。山原地區生物之間的相互關係凸顯出保護其棲地的重要性。
德之島
德之島位於沖繩島和奄美大島之間，中部與北部是與山原和奄美大島相似的沖繩栲森林環境，但南部是由石灰岩所形成的洞窟地形，因此有非常特別的地質景觀。德之島的生物相與奄美大島相似，此外如帶紋瞼虎（Goniurosaurus splendens）、德之島裔鼠等都是只有德之島才能看到的物種。
奄美大島
奄美大島的最高峰湯灣岳有694m，容易形成濕度高的雲霧帶，因此著生植物多。奄美大島到沖繩島北部曾為相連的陸地，因此與沖繩島的生物類群相似，但近年來在親緣關係研究上逐漸把奄美大島的物種與沖繩島分成不同的亞種或不同種，例如過去曾與沖繩同為沖繩石川蛙（Odorrana ishikawae），現在則獨立為奄美石川蛙（Odorrana splendida）。奄美大島與德之島分離的歷史更短，因此兩島的物種相似，但琉球松鴉（Garrulus lidthi）、奄美裔鼠等物種僅在奄美大島可見。
西表島
西表島地質為砂岩為主，海岸大多為紅樹林，也是日本紅樹林樹種最多的島嶼。島上原始林覆蓋率高，有許多瀑布地形。西表島的物種中最有名的是西表山貓，個體數只有150隻，非常稀少。除此之外西表島還有八重山食蛇龜（Cuora flavomarginata evelynae）、先島波布（Protobothrops elegans）等與中國南方和台灣相似的物種。
世界自然遺產的環境問題
印度小貓鼬
沖繩島在1910年為了防治波布，引進了外來種印度小貓鼬（Urva auropunctata），但白天活動的印度小貓鼬並不會捕食夜晚活動的波布，反而捕食特有種沖繩秧雞的幼鳥，造成沖繩秧雞的數量大幅減少，且分布範圍逐漸往北撤退，當沖繩政府意識到這個問題的時候，沖繩秧雞的數量只剩下約500隻左右了。
沖繩政府與環境署從2000年左右開始進行了一系列驅除「印度小貓鼬」的措施，包含是防獸柵欄、各種陷阱、搜索犬、感應器、攝影機等等，花費了大量金錢和人力，近年來山原的北部山地的陷阱的捕獲數量也大幅減少。但由於預算有限，目前只能集中在山原地區移除，其他北部地區即使有其他稀有物種也只能無視印度小貓鼬的存在。
除了山原以外，奄美大島也曾為了防治波布而引進印度小貓鼬，但在多年來的努力移除下，已有多年未曾發現印度小貓鼬，奄美大島宣布防治成功。
流浪貓狗
貓是天生的狩獵好手，在澳洲，沒有天敵的野貓和家貓每天捕殺超過100萬隻爬行動物，據研究報導已有許多生物因此絕種或瀕臨絕種，澳洲政府計畫在2020年之前撲殺200萬隻野貓。在沖繩，2017年發現流浪貓的糞便中有珍稀動物「沖繩裔鼠」的毛，今年2018年在德之島的攝影機更是直接拍攝到野貓叼著長毛鼠，不得不重視流浪貓問題的嚴重性。
調查沖繩秧雞的機構也發現，近年來，以往沖繩秧雞經常出現的路段反而不見蹤影，反而出現在人居住的聚落裡，推測可能是因為野化的流浪狗在山裡成群獵殺沖繩秧雞，但是野狗不敢侵入人居住的聚落，所以沖繩秧雞就逃難到人居住的聚落中，但是離人類的生活圈太近又造成沖繩秧雞可能被車輛路殺，野狗成群具組織性，且非常難以捕捉，令保育人員非常頭痛。
許多沖繩觀光地，放任流浪貓狗在戶外遊蕩，許多遊客也喜歡拍下貓狗與海景的優閒景色，卻沒想到其實流浪貓狗並不是「野生動物」，不該存在於自然環境中。
其他外來種
除了印度小貓鼬和貓狗之外，還有許多其他外來生物，藉由寵物、物資流通、食用等目的或路徑進入沖繩。例如西表島的山羊野化後，目前在保護區的山地內也可看到山羊爬到人類難以接近的山壁上，有可能取食保護區內的植物。
另一例子是本部半島的台灣龜殼花，過去由於波布酒等利益引進台灣的龜殼花（Protobothrops mucrosquamatus）養殖，野外溢散後，目前本部半島的陷阱大多都是捕捉到龜殼花，數量已經超過沖繩原產的波布。
外來種可能會對原生物種產生排擠效應，例如更加強勢地搶奪棲地或食物資源，或捕食其他當地的原生種，造成原生種的族群數量減少。例如來自八重山群島地的八重山窗螢（Pyrocoelia atripennis）成為沖繩島的外來種（國內外來種），八重山窗螢的幼蟲取食沖繩島南部的稀有種蝸牛，造成此蝸牛野外族群近乎滅絕。
此外不同地區的亞種之間如果交配產生雜交種，會造成當地族群的基因污染，破壞了長久以來地理隔閡建立的遺傳差異。
外來種防治
目前各地單位有在研擬相關的外來種防治措施。整理如下：
| 2023/11/15 | 開會討論如何防治西表島越來越多的外來種「野化山羊」目前西表島約有數百頭山羊，並有可能入侵到沒有道路的西部 | Link1 |
| 2023/10/29 | 沖繩縣政府等組織公布為保護生態系的野貓管理計畫 | Link1 |
| 2023/10/12 | 奄美大島相關人士開會確認外來種和路殺等目前的自然保育課題，以及相關政策的施行狀況。 | Link1 |
| 2023/9/9 | 沖繩au、Biome等公司合作，藉由Starlink技術提供在山中的通訊環境，藉由App進行外來種的調查和監控 | Link1 Link2 |
| 2023/6/29 | 在山原三村5年來捕獲1692頭野貓，其中1481隻歸還原主或成功送養 | Link1 |
| 2023/5/19 | 德之島首次發現外來種白頷樹蛙 | Link1 |
目前光是控制已經建立族群的外來種就已經花費了非常大量的金錢和人力，但是一但引入的外來種，要完全移除幾乎是不可能的事情。防止外來種最重要的還是「每個人」的自覺，不帶走當地物種，不施放外來物種或寵物，讓每個原生種都能安居樂業。
盜獵
稀少的生物經常成為被盜採的目標，例如琉球馬醉木（Pieris koidzumiana），因為過度盜採已經野外滅絕，目前只能在公園和園藝店才能看到她的身影。而日本最大型的蘭花，紅鶴頂蘭（Phaius tankervilleae）也是急需保育的物種，目前因盜採而數量遽減。此外，沖繩山原的特有種沖繩石斛（Dendorobium okinawense）也因盜採而成為瀕臨滅絕的植物。沖繩棘螈（Echinotriton andersoni）更是許多不法業者進行買賣的熱門物種。
以往山原地區雖然也有林道巡邏，以及進入林道的申請制等條例，但是沒有執法人力，即使有可疑人車也無執行力可以舉發。以上這些事件讓環境省感受到嚴重性，立刻開始行動阻止盜獵，2019年1月在沖繩成立了「盜獵走私對策聯絡會議（密猟・密輸対策連絡会議）」採取行動，例如航空公司和郵政系統也正在加緊對行李的掃描，以及以龜類為重點使用App辨識是否為稀少生物。
沖繩縣目前也於特定期間實施夜間封閉林道，以及在抓甲蟲的夏季派警察在山裏巡邏，以防盜獵，並且研擬「沖繩縣稀少野生動植物保護條例」。
盜獵相關法規
環境省相關的法規資訊可參考圖示，若違法採取動植物，個人可處以5年以下刑責或500萬日幣以下罰款。在山原等其他世界自然遺產島嶼進行觀察時，只帶走照片而不帶走動植物！如果有看到可疑人車可立即聯絡環境省或最近的警察署，讓我們一起守護住在各島嶼的各種動植物吧！
特定物種增加或減少造成生態失衡
最後這個是我個人的意見。即使目前已經有血清，但沖繩人仍然非常厭惡波布，當地人看到波布會將牠殺死以確保「不會危害到其他人」，卻忽視了波布是生態系食物鏈中非常重要的一部分。例如奄美大島的奄美黑兔在外來種貓狗防治有成下，數量增加非常多，但自然天敵波布在奄美卻是懸賞對象，因此波布的數量大幅減少，無法有效控制奄美黑兔，目前奄美黑兔族群數量龐大，在山林中取食稀有植物，造成另類生態浩劫，彷彿就是北海道蝦夷狼滅絕的事件重演。我認為日本應廢止懸賞波布的制度，並教育一般民眾波布在生態系中的重要性。
一同探索沖繩山原和世界自然遺產島嶼